5分钟搞定热门通路分析工具Reactome
Reactome数据库
三种常见应用
01
信息搜索
可在首页搜索框中输入感兴趣的基因、蛋白、复合物、通路等关键词进行检索。可按自己关注的物种,分子类型等进行筛选。点击感兴趣的分子可直接查看其所在通路等信息。
02
Pathway Browser
在首页点击Pathway Browser进行通路检索。Reactome数据库更加的简洁,它将所有的通路进行整合,绘制出了烟花状的有向无环总览图。每个通路均添加了链接,点击可查看相关通路和具体信息。页面布局如下图。
在搜索框输入感兴趣的分子名称“MHC”,选择“MHC Class I”,可以看到这个基因集在2个通路中,点击感兴趣的通路“Class I MHC mediated antigen processing & presentation”可详细展示(如下图)。在“Description”可以看到通路详细的描述、其它数据库中相关信息及参考文献。
通路中各图标代表的意思可以点击
查看。
在“Molecules”可以看到通路中有哪些分子,点击“Download”可下载分子列表。
选中感兴趣的分子,该分子会标记为蓝框,可在“Structures”查看分子的高级结构,右上角圆圈里的7代表相互作用的分子数据,点击可以查看这些作用分子的详细信息,并可通过confident score依据相互作用强弱对相互作用分子进行筛选。当用鼠标滚轮将图片放得足够大时,可以看到分子的结构信息,如图中ATP。
点击“Expression”可以看到感兴趣基因或通路基因在人类32个不同器官的表达量情况,有热图、箱形图等不同的展现形式,并可下载数据根据自己的需求进行编辑。
点击右侧的双箭头导出设置页面,可以对通路的背景颜色、显示的信息进行设置。点击“Downloads”进行通路图片和通路数据的下载。
也可点击右上角
图标在“Export diagram”
中选择PPTX下载,此时下载的图片可以在powerpoint中进行编辑(与通路有关,有些没有PPTX格式的)。
03
Analysis Tools
当我们从公司得到高通量分析的初步结果后,可以根据一定的条件找到一些关心的基因(比如差异显著的top20的基因),这时可以通过该模块进行深入的分析。以“Analyse gene list”分析为例,输入测试数据之后,可以得到通路富集的结果,可选择pValue或FDR小于0.05的进行可视化展示。
当输入的数据有表达量数据时,还可用热图显示表达量情况。
关于Reactome网站就介绍到这里,如果您还对KEGG数据库感兴趣,可以点击查阅历史文章:做二代测序,怎么能不了解KEGG。还有什么实用、简洁又有趣的科研网站想了解,欢迎在文末留言哦~
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参考文献:
Gillespie, Marc et al. “The reactome pathway knowledgebase 2022.” Nucleic acids research vol.
50,D1(2022):D687-D692. doi:10.1093/nar/gkab1028