蛋白质氨基酸序列的特定位置可以与化学基团或者小分子量的蛋白共价结合从而发生蛋白质翻译后修饰(posttranslational modifications，PTMs)，包括磷酸化、乙酰化、泛素化、甲基化等，影响细胞生物学的几乎所有方面。修饰蛋白组学基于修饰类型和水平，采用不同的富集方法和质谱检测方法，对蛋白质修饰状态进行定性定量分析，获得不同处理或不同生理、病理状态下的蛋白修饰差异，对揭示生命活动的机理、筛选疾病的临床标志物、鉴定药物靶点等方面都具有重要意义。