群体遗传进化，是通过某物种自然群体各亚群代表个体的全基因组重测序技术获得基因组信息，通过与参考基因组比对，得到大量高准确性的 SNP、InDel、SV、CNV 等变异信息，并进行群体遗传学分析，讨论群体的遗传结构、基因交流情况、物种形成机制以及群体进化动态等生物学问题。筛选到的受选择压力作用的基因组区域，通常是重要的功能区域，对于理解功能对环境的适应有重要指导意义。