非标记（Label-free）定量蛋白质组是一种相对定量技术，无需使用昂贵的稳定同位素标签做内部标准。通过液质
联用技术对蛋白质酶解肽段进行质谱分析后，根据一级质谱相关的肽段峰强度、峰面积、液相色谱保留时间等信息，基于肽段母离子强度，以 MS1 为定量基础，进行相对定量分析。该技术对样本的操作少，实验耗费低，从而使样本接近原始状态、检测起始量低、单个样品单独分析，不受样品来源和数目的限制。