原核转录组指针对原核生物，去除rRNA 后构建链特异性文库进行信息分析，可以确定转录本的边界以及一条转录本是来自正义链还是反义链，能更精确地统计转录本的数量，同时可以挖掘non-coding RNA 的信息。原核转录组测序为研究基因的结构和表达调控功能提供了一个重要的手段，主要应用于功能基因的筛选、分子标记和药物靶点的筛选鉴定、药理与毒理学研究、生物代谢调控研究、疾病分型研究、small RNA 调控研究。