宏转录组（Metatranscriptome）是指从整体水平上研究某一特定环境，特定时期群体生命所有基因组转录情况以及转录调控规律的研究手段，它以生态环境中的全部RNA 为研究对象，避开了微生物分离培养困难的问题，能有效的扩展微生物资源的利用空间。相较于宏基因组，宏转录组能从转录水平研究复杂微生物群落变化，能更好的挖掘潜在的新基因。