细菌基因组（De novo）完成图是对细菌基因组测序后从头组装，在组装的基础上进行基因结构注释、功能注释、分析共有序列或特征序列、单个基因或基因间相互作用、表达调控等功能。细菌基因组（De novo）测序已取代传统方法成为研究细菌进化遗传机制、关键功能基因发现的重要工具，主要应用于预测重要基因和蛋白的功能和可能的发生机制、鉴定致病相关基因、开发和研究疫苗及新型抗生素、研究细菌种内进化关系等。