真核无参（De novo）转录组是研究没有参考基因组的物种，通过转录组测序技术，能从 mRNA 水平全面地研究物种基因功能，揭示特定的生物学过程。对于没有参考基因组的物种，或者基因组组装不好的物种，必须先使用测序数据将小片段拼接成 unigene，组装一套参考转录本，从而进行多个样本的差异基因表达分析和差异基因功能富集分析等。目前已广泛应用于基础研究、分子育种等领域。